水资源与环境研究所是在原长春科技大学应用水文地质研究所的基础上于2002年3月正式成立的学校直属研究所，目前挂靠环境与资源学院，所长为中国科学院院士林学钰教授。研究所下属三个研究室和1个实验室（国土资源部重点开放研究实验室）。自1996年起承担和完成国家重点基础发展规划项目（973）、国家自然科学基金项目、教育部博士点基金项目、国家“七五”、“八五”、“九五”攻关项目、吉林省科技发展重点攻关项目、吉林省科技发展重点项目、国际合作项目等多项，主持召开“98  Future Groundwater Resources at　Ｒｉｓｋ”等国际学术会议。研究所与美国、英国、日本、加拿大、韩国、荷兰等国的学术机构建立了长期的学术交流关系。共培养包括博士后、博士等在内的高级人才１００余名。研究所出版专著20余部，公开发表学术论文200余篇。

   目前，研究所正以我校水文学及水资源学科为基础，以水资源和水环境为主要研究方向，不断拓宽新的研究领域，积极承担国家和省部级重大科研项目，同时面向市场，加大知识向生产力转化的深度和广度。力争经过较短时间的努力，在水土污染控制与治理、水环境模拟和信息化、水资源评价与管理等重要基础理论和应用技术上取得一批具有重大影响的研究成果，使之成为总体研究水平居国内领先，并在国际上具有一定影响的科学研究基地和人才培养基地。