吉林大学水资源与环境研究所是在原长春地质学院应用水文地质研究所（成立于1991年）的基础上，于2001年3月正式成立的专门从事水资源与环境研究的校属院管科研机构，依托单位为新能源与环境学院。

研究所一直以地下水资源和环境为主要研究方向,先后承担和完成国家重点研发计划项目、国家水体污染重大科技专项、国家重点基础发展规划项目（973）、国家高新技术项目（863）、国家科技攻关项目、国家科技支撑项目、国家自然科学基金重点项目等国家和省部级项目等200余项。在地下水资源评价与管理、水文地球化学过程与模拟、地下水土污染控制与修复等重要基础理论和应用技术上取得了一批具有重大影响的研究成果，在地下水寻找与开发利用、地下水资源科学管理、地下水土污染修复与治理等基本理论与方法上形成了自己的特色和优势。先后获得国家及省部级奖励20余项，其中国家科技进步二等奖1项、省部级科技成果（进步）奖一等奖4项、二等奖8项；出版学术专著22部，在国内外学术期刊上发表学术论文600余篇，授权发明专利20余项。

建所以来，研究所已培养包括博士后、博士、硕士等在内的高级人才300余名，其中博士后30名，博士生65名（包括5名外籍博士生），所培养的伊朗博士生Manouchehr Chistsazan是我国最早培养的理工专业外国博士生之一。

研究所与美国、英国、加拿大、以色列、韩国等七个国家的相关单位与同行学者具有长期的合作关系，并与北京师范大学、河海大学、长安大学、中国地质大学、首都师范大学、黄河水利委员会、水利部南京水利科学研究院、中国地质调查局所属的水环地调中心、西安地调中心、天津地调中心、南京地调中心和沈阳地调中心等国内著名高校和科研院所建立了密切的合作关系。