环境微生物学是一门涉及多学科、实践性强的环境工程专业基础主干课程。其后续课程主要是吉林大学校级精品课《现代环境生物技术》。环境微生物学重点介绍环境中微生物的主要类群及它们的生理、生态特性、微生物与环境污染的关系，以及环境微生物学实验、研究的基本方法和技能。主要是为后续的环境工程、废水生物处理、环境监测、固体废弃物处置等其他课程打下基础。加强这门课程的教学能够使学生系统地掌握环境微生物学的基础理论和实践应用技能，使其具备开展环境微生物学工作的能力和综合素质，对于毕业后从事环境工程和环境监测、环境卫生、生物工程等领域的相关的工作和研究有着重要的作用。 

本课程开设8个实验项目，分别是光学显微镜的使用及微生物大小测量、细菌的革兰氏染色、培养基配制、细菌生长曲线的测定、土壤中降解菌的分离纯化、及生理生化鉴定等实验。其中包括综合性实验2个，设计性实验1个。共计20个学时，开出实验20组，每组3人。

通过实验教学，不但使学生能熟悉环境中微生物的主要类群，牢固掌握环境微生物学实验的基本操作技能，而且也使学生初步掌握微生物对环境中污染物的降解与转化及环境监测中的微生物学相关方法。此外，也使学生进一步加深理解环境微生物学课的理论知识，培养学生观察、思考及独立分析问题和解决问题的能力，启迪学生的创新思维。
   实验室也为学生开展创新性实验和开放性实验提供平台，鼓励学生开展实验探索和第二课堂活动。