吉林大学新能源与环境学院环境科学系始建于1987年，2001年合并组建环境与资源学院并设立环境科学系。2008年环境科学专业入选吉林省一类特色专业、2012年入选吉林省高等学校“十二五”本科特色专业、2015年入选吉林省高等学校本科品牌专业，2018年入选吉林省高水平专业A类建设点，2021年入选国家一流本科专业建设点。
环境科学系是新能源与环境学院的重要组成部分，拥有环境科学二级学科博士及硕士学位授予权、环境管理与环境经济自设二级学科博士学位授予权。参与了环境科学与工程一级学科学位授予权、环境科学与工程博士后科研流动站的建立，协助学院建有1个国家地方联合工程实验室、1个国家级野外实践教学基地、4个省部级实验室、1个省级教学实践中心。
环境科学系已经形成一支学科结构齐全、年龄结构合理、高水平的学术梯队，现有教师27人，其中教授14人（博士生导师14人）、副教授10人，有92.3%的教师具有博士学位，60%以上的教师有长期出国经历。1人次入选首批“新世纪百千万人才工程”国家级人选、1人次获得国家优秀青年基金，2人次获国务院政府特殊津贴、4人次被评为吉林省高级专家、1人被评为吉林省教学名师、6人被聘为唐敖庆特聘教授/副教授。主要研究领域有污染物在环境介质中迁移转化、环境健康风险评价、环境材料、环境管理与环境经济理论与技术、环境规划与评价、应对气候变化、生态系统演变与预测、受损生态系统的修复理论与技术、生态环境信息技术等。经过多年的发展，环境科学系在国内同类学科中已取得了较高的学术地位并具有重要影响，在环境化学、环境管理与环境经济、生态环境修复与生态系统数字化管理等方面具有显著特色。
环境科学系教学实验室1200m2，包括环境污染物迁移转化模拟实验室、环境毒理与健康实验室、环境污染控制化学实验室、环境光化学实验室、环境生物学实验室、环境微生物技术实验室和环境规划与管理研究室等实验室。近5年来承担科研经费总额5500万元以上，承担国家及省部重大科研项目40余项，各种科研奖励6项，发表SCI、CSSCI、EI等收录200篇以上，获得省部级一等奖4项、二等奖4项，获吉林省自然科学学术成果一等奖3项。环境科学系拥有国家精品在线开放课程、国家级一流本科混合式课程、国家精品视频公开课、中国大学素质教育精品通选课。教学方面环境化学教学团队获2011年吉林省高等学校优秀教学团队。建系以来共培养本科生2000余名，硕士生700余名，博士生100余人。历经四十三年演变和发展，环境科学系形成了自己特色，为国家培养了大批环境科学研究和行政管理人才，在各自的岗位上发挥先锋带头的作用；研究成果为解决国家和地方重大环境问题和实施可持续发展战略提供了决策支持。
展望未来，环境科学系将瞄准国际环境科学发展的前沿问题，切实满足国家发展需求，重点发展环境化学、环境与健康、环境污染与修复技术、环境生态、环境管理与环境经济理论与技术等领域研究，以培养适合国家需求，能解决国家国境问题所需的复合型高层次人才为重点，拓展多学科交叉的"1+1+2"人才培养模式，努力使环境科学系成为世界一流的环境科学研究和人才培养基地，助力人与自然和谐共生的健康中国和美丽中国建设。
